Mubaligh Katolik di Penampang bermula pada tahun 1888 dengan pendidikan penduduk tempatan. Bangunan sekolah pertama dibina di kaki bukit dinamakan Sekolah St. Michael . Pada tahun 1924 Reverend Verhoeven membina bangunan sekolah dua tingkat yang berfungsi sebagai gereja, sekolah, sekolah berasrama dan sebagai kediaman untuk paderi. Bangunan ini telah digunakan sebagai sekolah sehingga tahun 1966. Blok lama hari ini dibina oleh Reverend Michael Henselmans pada tahun 1958. Pada tahun 1970-an, sekolah itu memperoleh nama semasa SM St. Michael .